Créée en 1954, la Fondation Lundbeck (Lundbeckfonden) est le principal actionnaire d’ALK. Elle détient 67 % des voix et 40 % du capital.
Le fonds de retraite danois ATP possède 5,1 % des parts. Sur les 30 actionnaires les plus importants, 27 sont des investisseurs institutionnels internationaux, notamment d'Amérique du Nord, du Royaume-Uni et de Scandinavie. On estime que 22 % des parts sont détenues par l'actionnariat international, ce qui représente 39 % du flottant du capital social.
La Fondation Lundbeck est une fondation industrielle dont la mission est d’améliorer la santé et le bien-être des patients au travers de ses différents soutiens à la recherche scientifique. Les dividendes que la fondation perçoit grâce à sa participation dans ALK contribuent pleinement à cette mission.
La Fondation Lundbeck est l'une des fondations industrielles les plus importantes du Danemark, dont la valeur totale s'élève approximativement à 6.7 milliards d'euros, et qui accorde chaque année des subventions à la recherche biomédicale indépendante d'un montant compris entre 53 à 67 millions d’euros .